Ngay sau khi tuyên bố được truyền thông khắp cả nước, các cuộc biểu tình rầm rộ bắt đầu, trong đó những người biểu tình xé cờ Nhật Bản. Vào ngày 19 tháng 8, chính phủ đầu tiên của Indonesia độc lập được thành lập. Vì người Nhật không từ chối quyền độc lập của Indonesia, họ không có hành động nào nhằm lật đổ chính quyền Sukarno, mà tiếp tục chống lại các nhóm cực đoan của Indonesia, từ đó dọn đường cho những phần tử ôn hòa cộng tác với người Nhật trong những năm chiếm đóng. Chính phủ Indonesia tiếp tục hành động với sự kiềm chế liên quan đến chính quyền Nhật Bản và vào ngày 29/8/1945 đã thông qua một nghị quyết nêu rõ rằng sự thống trị của Hà Lan đối với Indonesia đã kết thúc vào ngày 9 tháng 3 năm 1942,

Quân Đồng minh không có quân đội miễn phí cho một cuộc đổ bộ ngay lập tức vào Indonesia, và vì vậy Lord Mountbatten chỉ có thể gửi cho Thống chế Terauchi một bức điện tín, trong đó ông giao trách nhiệm duy trì trật tự ở Indonesia cho đến khi quân Đồng minh đến đó với quân đội Nhật Bản. Đồng thời, Mountbatten đã gửi sứ mệnh của Đô đốc Peterson tới Jakarta, để đảm bảo rằng người Nhật không đầu hàng "kẻ mạo danh". Đến Jakarta ngày 15 tháng 9 tại tàu tuần dương Cumberland, Peterson phát hiện ra rằng Cộng hòa Indonesia đã tồn tại, không chỉ ở thủ đô, mà còn ở các tỉnh có chính quyền dân sự, các bộ, ngành và thậm chí cả cảnh sát dân sự. Anh ta cố gắng ép buộc đồn trú của Nhật Bản ở Surabaya để giữ cho đến khi Anh tiếp cận, nhưng người Nhật đã thẳng thừng từ chối chiến đấu, và đến cuối tháng 9 đã đầu hàng quân đội Indonesia.

Ngày 29 tháng 9 năm 1945 tại Jakarta đã hạ cánh xuống đất nhỏ đầu tiên của Anh. Chỉ huy của nó, Trung tướng Christison đã đưa ra một tuyên bố chính thức rằng cuộc đổ bộ đã đến để giải giáp quân Nhật. Sukarno, phát biểu vào ngày 2 tháng 10, yêu cầu người Indonesia giữ bình tĩnh: nếu các mục tiêu của người Anh được công bố chính thức, thì chính phủ Indonesia sẽ không cản trở họ. Tuy nhiên, Petersen tuyên bố rằng các lực lượng Anh sẽ duy trì trật tự ở nước này cho đến khi chính phủ hợp pháp của Đông Ấn Hà Lan bắt đầu hoạt động. Vào ngày 4 tháng 10, một loạt lính Anh mới đến, cũng như các đơn vị đầu tiên của Hà Lan được triển khai từ châu Âu, những người coi người Indonesia là cộng tác viên, phải được giải giáp cùng với người Nhật. Trong những điều kiện này, vào ngày 5 tháng 10, Sukarno đã ban hành một sắc lệnh của tổng thống về việc thành lập Quân đội Quốc gia Indonesia.

Hiểu rằng để tiếp tục kiểm soát đất nước, cần phải chiếm căn cứ hải quân ở Surabaya, vào ngày 25 tháng 10 năm 1945, quân đội Anh đổ bộ vào đó. Các đơn vị Indonesia từ chối đầu hàng vũ khí của họ, và cuộc chiến giành độc lập của Indonesia bắt đầu.